Après son coup d’Etat du 18 brumaire (9 novembre 1799), Bonaparte ressuscite les Intendants sous la forme des préfets. Dans le département, « le préfet sera chargé seul de l’administration » (loi du 17 février 1800). Nommé par le Premier Consul, intermédiaire obligé entre le département et l’Etat, le préfet, qui est aussi l’organe exécutif unique du département, contrôle et anime le conseil général. Les membres du conseil général sont également choisis par Bonaparte. Le préfet désigne les maires et les adjoints des communes de moins de 5 000 habitants et propose au Premier Consul, plus tard à l’Empereur, la nomination des autres.
Le 2 mars 1800, 97 préfectures étaient attribuées à des hommes de tout bord politique triés sur le volet, souvent d’anciens révolutionnaires mais épris d’ordre et de discipline et passionnés de grandeur nationale. De tempérament actif, doués du sens de l’État, qui plus est couverts d’honneurs (ils furent tous anoblis à partir de 1810), les préfets de Napoléon, agents de l’absolutisme impérial, forgent une solide administration territoriale. A travers tout l’empire, ils diffusent la pensée impériale et ils déploient des grandes qualités administratives. Napoléon les surveille et exige d’eux travail, dignité, perspicacité, initiatives, de bonnes manières et un dévouement total. L’un de leur plus grave problème est la conscription : les guerres napoléoniennes étant un gouffre à vies humaines.